Fosmid载体同样衍生于大肠杆菌F质粒，其重组质粒在宿主体内以低拷贝形式存在，较Cosmid载体而言更加稳定。Fosmid文库构建需要使用lambda噬菌体衣壳蛋白包装重组DNA。

Fosmid文库的平均插入片段在40kb左右。 Fosmid文库构建过程中，采用物理随机打断大分子DNA，能有效克服克隆的偏好性。